Výskumná činnosť ústavu je zameraná hlavne na nasledujúce problematiky:
1. výskum globalizačných, integračných a adaptačných procesov vo svetovej a osobitne v európskej ekonomike;
2. výskum procesov a politík ovplyvňujúcich sociálno-ekonomický rozvoj Slovenska a jeho regiónov;
3. skúmanie makroekonomickej politiky vo vzťahu k stabilite a hospodárskemu rastu v národnom a európskom kontexte;
4. výskum procesov a politík podporujúcich smerovanie k poznatkovej ekonomike;
5. výskum vzťahov medzi hospodárskou politikou štátu a rozvojom podnikového sektora;
6. skúmanie ekonomických procesov prostredníctvom matematickej ekonómie a ekonometrie.
Výskum prebieha v štyroch výskumných tímoch, resp. Výskumných oddeleniach, ktorých aktivity sú úzko prepojené, najmä pri príprave spoločných publikačných výstupov a pri riešení projektových úloh. Detailné informácie o personálnom zložení a aktivitách oddelení nájde na individuálnej karte každého z nich.